Le protocole sanitaire renforcé du Sanctuaire est approuvé par la Cellule Interministérielle de Crise et par la préfecture des Hautes-Pyrénées.
Le port du masque est fortement recommandé dans tout le Sanctuaire ; il est obligatoire dans les zones de rassemblements (lieux de culte, grotte, fontaines, piscines) et durant les processions qui sont organisées conformément à ce dispositif.
Le « Pass sanitaire » n’est pas obligatoire pour participer aux célébrations à l’intérieur des lieux de culte du Sanctuaire ou pour les visiter. Il demeure obligatoire uniquement pour « les événements ne présentant pas un caractère cultuel » comme les manifestations culturelles (décret paru au Journal officiel mardi 20 juillet 2021).
Un briefing Covid est réalisé à l’hémicycle tous les jours à 9h, afin de sensibiliser les salariés aux fondamentaux de lutte contre le covid, et les informer sur les actions menées par le Sanctuaire pour accueillir au mieux les pèlerins dans le cadre de cet épisode sanitaire.
Dans le Sanctuaire, un centre de dépistage accueille dans le bâtiment des permanences, face au Centre Information, les mardi, jeudi et dimanche de 10h à 12h et de 14h à 17h.